琼脂糖凝胶电泳与其他支持物电泳最主要区别是:它兼有"分子筛"和"电泳"的双重作用。琼脂糖凝胶具有网络结构，物质分子通过时会受到阻力，大分子物质在涌动时受到的阻力大，因此在凝胶电泳中，带电颗粒的分离不仅取决于净电荷的性质和数量，而且还取决于分子大小，这就大大提高了分辨能力。但由于其孔径相比于蛋白质太小，对大多数蛋白质来说其分子筛效应微不足道，故琼脂糖凝胶电泳是核酸分析常用的实验技术。
琼脂糖凝胶电泳操作简单、快速，通过调整其使用浓度,使得分辨率达到大多数实验的要求,因此成为分离、鉴定、纯化核酸分子的常用方法。但操作过程中仍有不少要注意的问题。以下内容对初涉分子生物学实验者有一定的指导意义。
1 凝胶制作
1.1 凝胶浓度
配制凝胶的浓度根据实验需要而变,一般在0.8%~2.0%之间,
如果一次配制凝胶100 ml,没用完的凝胶可以再次融化,但随着融化次数的增加，水分丢失也越多,凝胶浓度则会越来越高,导致实验结果不稳定,补水办法有两个：一是在容器上标记煮胶前的刻度,煮胶后补充相应的水分至原刻度;二是在煮胶前称重,煮胶后补充水至原重量。粗略一点的方法是通过多次较恒定的煮胶条件得出一个经验补水值。以保证凝胶浓度基本维持在原浓度。
1.2 梳板的选择
一般每个制胶模具均配有多个齿型不同的梳板,梳板的选择主要是看上样量的多少而定,一般来说,上样量小时尽量选择薄的梳板制胶,此时电泳条带致密清晰,便于结果分析。另外,每次制胶时都要注意梳齿与底板的距离至少要1 mm,否则,拔梳板时易损坏凝胶孔底层,导致点样后样品渗漏。当然,点样孔的破坏还与拔梳板的时间和方法有关,一般凝胶需冷却30 min以上方可拔梳板,拔梳板的方法是将制胶槽放置在电泳槽中的电泳缓冲液中,然后垂直向上慢慢用力,因为有液体的润滑作用,梳板易拔出且不易损坏点样孔。
2 点样
在样品中加入上样缓冲液，上样缓冲液中含有甘油或蔗糖以增加密度，使样品沉入孔底；上样缓冲液中一般还含有两种指示剂，溴酚兰和二甲苯青，用于指示样品的迁移过程。上样缓冲液储存液一般为6×(10×)，表示其浓度为工作浓度的六倍。使用时上样缓冲液应稀释到一倍浓度。点样方法是将移液器基本垂直对准点样孔，用另一只手帮助固定移液器下端，移液器枪头尖端进入点样孔即可将样品注入孔内，千万不可将尖端插至孔底。同时DNA分子上样大小应基本在分子量标准范围之内。
3 电泳
将电泳仪的正极与电泳槽的正极相连，负极与负极相连。核酸带负电荷，从负极向正极移动。电泳槽中电泳缓冲液与制胶用电泳缓冲液应相同，电泳缓冲液刚好没过凝胶1mm为好，电泳缓冲液太多则电流加大，凝胶发热。电泳时所加电压一般不超过5v/cm(指的是正负电极之间的距离，而不是凝胶的长度)，电泳时间一般为30～60 min，根据实验需要也可作适当调整。电压增高，电泳时间缩短，核酸条带相对来说不够整齐，不够清晰；相反，电压降低，电泳时间较长，核酸条带整齐清晰。 另外，如果电泳后样品泳动很慢或者没泳动，请检查胶模两端的封口胶条是否已去掉。
4 结果分析
较成功的电泳结果是分子量标准条带和样品条带整齐清晰,如果条带模糊暗淡,单从琼脂糖凝胶电泳角度来说,可能的原因:溴化乙锭的质和量怎样?溴化乙锭见光易分解,母液配制时间过长或保存不当;电泳槽中缓冲液使用次数过多,缓冲能力下降。特别是TAE缓冲液,一般用2~3次就要更换,TBE缓冲液则可使用10次左右。溴化乙锭(EB)是一种中等强度诱变剂,操作过程中要戴手套,并将加有EB的染色液作好标记、妥善保存。除了EB外，也可以使用Golden View，10000xSybr green I，AidGreen(GelGreen)核酸染料等进行替代。
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