在western Blot过程中，蛋白Marker虽然是其中小小的一环，但是这个小细节对实验结果的影响不可忽视。Marker在蛋白电泳中的作用主要是用来指示蛋白条带所对应的分子量大小，只有标准量精确无误，实验结果才有说服力。此外， Marker还能显示转膜是否成功以及蛋白在凝胶上的电泳程度的作用。因此选择正确的蛋白Marker也是western blot实验成功的必要条件之一。总体来说，蛋白分子量标准可以分成未染蛋白分子量标准、预染蛋白分子量标准二个级别。
未染色的蛋白分子量标准
未染色的蛋白分子量标准是最简单，也是最准确的一种。由于没有附带染料分子或者是标记分子，所示大小正好是蛋白原本的大小，是精确判断蛋白大小必须的。未预染的Marker可分为宽分子量蛋白标准、高分子量蛋白标准以及低分子量蛋白标准。
① 宽分子量蛋白标准
如果从实验的整体考虑的，就选择范围尽量宽条带分布比较均匀的，这样容易判断你的蛋白在哪个区间。不过蛋白marker条带越多，每次上样量也就越费。如果买的是大包装，建议分装成小体积使用，多次反复冻融不利于蛋白marker的保存和继续使用。
② 高分子量蛋白标准
通常在检测大分子量蛋白经常使用到高分子量蛋白标准。
③ 低分子量蛋白标准
在一般的蛋白电泳当中，更常用的是低蛋白标准分子量，除了有指示蛋白大小的作用以外，有时还可以用作粗略的定量。特别小的蛋白Marker条带如果要显色好，一定要保证足够的上样量。
预染蛋白Marker
预染蛋白Marker是一些纯化好的蛋白混合物，通过与染料共价耦联，在电泳过程中或者转膜时可以直接观察到。预染蛋白分子量的出现方便了实验，可以帮助我们在电泳时、电泳后以及转膜后监测电泳情况和估计迁移率。由于预染蛋白Marker是与染料共价耦联，所以在不同的缓冲条件下电泳时迁移特性可能会发生某些变化，可能导致一些偏差，所以不太适合精确定位蛋白。不过多数情况下Marker的条带未必能和我们的目标蛋白完全一样，我们得到的也不过是一种相对Marker指示的参考大小，最后都需要Western来定性，所以如果不是要区分大小相近的条带，预染Marker还是很好用的，而且也可以和未染色的蛋白标准一起使用。
预染蛋白标准可以分为两种：单色预染和多色预染，如果用多色的彩虹Marker跑出来五颜六色的蛋白条带，在比较沉闷的电泳实验中也能增添一抹亮色，此时在枯燥的实验过程中心情也会愉快一些吧!
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